琼海博鳌早在新石器时期就有人类活动印迹。现琼海市博鳌镇莫村村委会留客村西北约50米，紧靠万泉河边坎上，有新石器时期先民生活遗址。当地村民曾多次在此拾捡到石斧等新石器时期器物。据文化部门测算，该遗址文化堆积约0.5米至1米。
博鳌春秋万泉河出海口处的博鳌红石滩。蒙钟德 摄
博鳌，汉朝隶属珠崖郡玳瑁县，至今已有2000多年的历史。唐贞观元年(627年)，设崖州都督府，后为琼州都督府，博鳌属琼州管辖。贞观十三年(639年)，琼州府析置出容琼县，博鳌隶属容琼县。唐显庆五年(660年)时，置乐会县，博鳌隶属乐会县。
宋代，聚居在博鳌的乡民已有一定数量和规模，并建立了三江庙进行祭祀。元、明时期，乐会县设“博鳌浦莫村都”进行管理。
清代，“博鳌浦莫村都”撤销，莫村一带划入中珠乡，又另外成立“博鳌乡”，一直沿称至1929年。
民国时期，行政区划变化频繁，现博鳌境先后隶属于乐会县一区和附城镇。1930年撤销“博鳌乡”，划归乐会县首善镇。1947年改属附城镇管辖。
1950年，海南解放后，博鳌、朝阳属乐会县乐城乡。此后博鳌行政区划又数次更迭。1955年，设博鳌乡，属乐会县;1958年12月，博鳌乡并入朝阳人民公社，属琼海县;1961年3月，从朝阳人民公社析出，设立博鳌渔业公社;1983年9月，撤销公社，改称博鳌区;1987年，博鳌区改为博鳌镇;2002年4月，撤乡并镇，朝阳乡及九曲江乡的北山、北岸、沙美、培兰等行政村划归博鳌镇，隶属琼海市。
博鳌的名称由何而来?鳌是传说中的大龟，一说大鳖。有人说，过去博鳌市门前河中有两块巨石(20世纪50年代清除航道路障时被炸掉)，潮涨时被水淹没，潮落后露出一半，就像两只大海龟伏在水中，故称“博鳌”;也有人说，是因博鳌东屿岛“酷肖一只悠然遨游的巨鳌”而得名。
最早记录博鳌这一地名的文献，是由琼山进士唐胄纂修、明代正德十六年(1521年)成书的《琼台志》，不过该志将博鳌记作“博敖”。这部志书是存世的海南方志中最早的一种，其卷二十六“坛庙”中记载：“三江庙在县(乐会)东十里博敖浦，宋天圣元年乡人建，祀三江晶信夫人。”卷十二“乡都”中有：“博敖浦莫村都(在县东)。”卷二十一“海道”中提到：“会同调懒港半日至乐会博敖港。”“海道”中还胪列了海南岛“东路烽堠”35个，“博敖”为其中之一。
地名命名，一般根据地理特征、历史文化、社会意识等因素。以上两种说法虽符合根据地理特征命名的惯例，但缺少有力依据。经查找相关资料，用“鳌”为地名命名的在全国有多处。《乐会县志》中记载，博鳌地区以“鳌”起名的村庄还有坡鳌、波鳌、鳌头、鳌峰等。今博鳌镇田埇村委会仍有鳌峰上村、鳌峰下村，可见博鳌一带的百姓对“鳌”情有独钟。
